当员工不同意协商解除时，应首先检查员工的行为是否符合《劳动合同法》第三十九条规定的情形。如果员工存在违规行为，公司有权依法解除劳动合同，无需额外补偿。否则，公司应避免单方面强行解除，以防涉嫌违法，员工有权申请劳动仲裁并要求相应的赔偿金。
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员工拒绝协商解除时，除了审查员工的行为是否违规外，公司还可以寻求其他合法途径处理。如继续履行原合同或提出新的解决方案。在此过程中，公司应当遵循法律规定，确保操作合法，避免法律风险。
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针对员工不同意协商解除的情况，公司首先应根据《劳动合同法》的规定，确认员工是否存在违规行为。若存在违规行为，可以依法解除劳动合同；若无违规，则应寻求专业法律意见，通过合法途径解决问题。同时，公司也可以考虑通过协商或其他合法手段寻求解决方案。