在离婚案件中，若双方对两个孩子的抚养权协议不成，法院会综合考虑多方面因素进行判决。根据《民法典》及相关司法解释，法院会主要考察双方的经济情况、生活条件、对孩子的教育及陪伴时间等，确保判决以保护孩子的身心健康和合法权益为前提。特别是会关注哪一方抚养孩子更有利于其成长，或者另一方抚养是否不利于孩子成长，从而做出公正裁决。
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若孩子在两岁以内，抚养权判决一般倾向于由女方抚养，主要考虑到幼儿期可能需要哺乳等因素。但若有特殊情况，如女方无抚养能力或对孩子有严重危害，法院也可能判决由男方或其他合适亲属抚养。因此，需根据实际情况具体分析。
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从法律角度，确保孩子在抚养权争夺中得到最佳利益的关键在于：一是双方应尽力协商，以孩子利益为重；二是法院在审理时，应全面评估双方条件，确保判决符合孩子成长需求；三是尊重年满八周岁孩子的真实意愿；四是确保抚养方能为孩子提供稳定的生活、教育环境，保障其身心健康。